La creación del Colegio-Seminario de Corpus Christi está directamente relacionada con el gran esfuerzo de renovación y reforma de la Iglesia Católica impulsado por la celebración del importantísimo Concilio de Trento. Una vez nombrado arzobispo de Valencia, Juan de Ribera, se aplicó a promover las nuevas disposiciones conciliares, que no eran aceptadas por todos, sobre las bases establecidas con gran esfuerzo, por su antecesor, el santo arzobispo Tomás de Villanueva.
Este Real Colegio, conocido entre los valencianos como Colegio del Patriarca, tuvo como principal misión la formación de sacerdotes según el espíritu y las disposiciones del Concilio de Trento. El conjunto de las edificaciones del Colegio fue levantado entre 1586-1604 por un equipo de albañiles y canteros dirigidos por el obispo auxiliar Miguel de Espinosa, el cual contrató las partes más importantes, claustro y capilla con el afamado cantero Guillem del Rey. La notable construcción que resultó adquiere, por su modernidad y vanguardismo, un extraordinario interés tanto en relación con lo que se construía en la Valencia de la época como el conjunto de la arquitectura del Renacimiento en España, donde manifiesta una plena asimilación de las novedades italianas difundidas por los tratados arquitectónicos.
La colección amplísima de obras de arte recoge un significativo número de piezas de indumentaria religiosa y ornamentación litúrgica que van desde el siglo XIV hasta la actualidad. Estas piezas de carácter religioso son ejemplos, en muchos de los casos, de la producción sedera valenciana en todas sus técnicas. Por otra parte también alberga obras pictóricas de primera magnitud que reflejan vestimentas de seda, así como escultura, tallas, frescos, tapices. Hay que destacar el archivo de protocolos notariales que consta de 29.064 protocolos que van desde el siglo XIV al XIX.
El Colegio del Patriarca San Juan de Ribera fue declarado Monumento Histórico Artístico Nacional en 1962 y Bien de Interés Cultural en 2007.